Beste @ThomasHaarlem, bedankt voor je vraag.
Dit ligt niet aan QGIS maar aan de wijze waarop de data is gestandaardiseerd. Je werkwijze om de geometrie uit te splitsen is geen gekke werkwijze (behalve dan het shapefile deel 
)
Er is al eerder geconstateerd dat Milieuhygiënisch bodemonderzoek GeometryCollection als geometrietype heeft. Zie hier incl wat achtergrondinformatie: Nieuwe BRO-dataset Milieuhygiënisch bodemonderzoek (SAD) bij PDOK beschikbaar - 8 van Thijs_Knapen
Groeten, Derek