Voor wie met deze goede tip van @wvdbee aan de slag gaat:
Wel even de dubbele quotes vervangen in de where-clause vervangen door “gewone” exemplaren, om vreemde foutmeldingen te voorkomen, dus dan wordt het:
ogr2ogr -overwrite -of GPKG -spat 171600 440500 177200 445300 -where "eind_registratie IS NULL" -s_srs EPSG:28992 -t_srs EPSG:28992 bgt.gpkg OAPIF:https://api.pdok.nl/lv/bgt/ogc/v1 begroeidterreindeel