Dat is erg usecase afhankelijk dus lastig om te beoordelen. Wel hebben beide producten primair een ander doel.
De PDOK Locatieserver bestaat uit meerdere API’s die primair geocoderen als doel hebben. Dat wil zeggen van gegeven naar de kaart (of andersom in het geval van de reverse Geocoder). De Locatieserver bevat niet alle BAG gegevens en niet alleen BAG gegevens maar ook gegevens uit de BRK, NWB en data van CBS en Waterschappen waar je met de locatie aan de slag kunt.
Met de BAG API bevraag je direct de data van de (Landelijke Voorziening) BAG om vervolgens met deze BAG gegevens (objecten en attributen) aan slag te gaan (bijvoorbeeld door deze te koppelen met andere data). De BAG API bevat alle BAG gegevens.
Wellicht ten overvloede maar hierbij wat handige links die kunnen helpen bij het maken van de keuze:
BAG API Individuele Bevragingen - Kadaster.nl zakelijk
API Locatieserver · PDOK/locatieserver Wiki · GitHub
cc @PieterDijkstraBAG