Je kunt het proberen met het file:// protocol, maar het vormt wel een veiligheidsrisico. Je zult dus waarschijnlijk altijd eerst de vraag krijgen van je browser " wat wil je hiermee doen?", als de browser al toestaat een externe applicatie te starten.
Ik weet niet of je met QGis vanaf de command line coordinaten kunt opgeven en daar naar toe zoomen, dat is ook nog even een dingetje. Maar als dat zou kunnen, dan zou je ook gewoon een anchor tag naar je qgz kunnen proberen: je browser vraagt dan wat je er mee wil doen, en (in Firefox althans) kun je dan kiezen voor openen met. Maar zoals gezegd: of dat de coordinaten dan ook goed doorgeeft weet ik niet.