Hallo Lars,
Je hebt het telkens over het gfs-bestand. Dat word echter niet geleverd via PDOK, dat bestand word aangemaakt door de software die je gebruikt (R sf), die op zijn beurt weer gebruik lijkt te maken van GDAL - en GDAL maakt een gfs-bestand aan (zie https://gdal.org/drivers/vector/gml.html#schema).
Als jouw gfs-bestand nu ineens anders is, terwijl er niets is veranderd aan de Top10NL, dan is er vrijwel zeker iets veranderd in jouw software (een nieuwe versie wellicht, of een nieuwe GDAL versie of zo). Op de documentatie-pagina die ik hierboven deelde staat ook een manier om gebruik te maken van een voorgedefinieerde gfs, dat is waarschijnlijk je beste oplossing. Omdat QGis ook onderhuids gebruik maakt van GDAL, is er op dit forum al eerder over geschreven (dit draadje bijvoorbeeld). Even zoeken op gfs levert wel meer resultaten op, en je kunt uiteraard altijd vragen hier stellen 
Stefan